Ensemble dynamics and information flow deduction from whole-brain imaging data
Yu Toyoshima; Hirofumi Sato; Daiki Nagata; Manami Kanamori; Moon Sun Jang; Koyo Kuze; Suzu Oe; Takayuki Teramoto; Yuishi Iwasaki; Ryo Yoshida; Takeshi Ishihara; Yuichi Iino, The recent advancements in large-scale activity imaging of neuronal ensembles offer valuable opportunities to comprehend the process involved in generating brain activity patterns and understanding how information is transmitted between neurons or neuronal ensembles. However, existing methodologies for extracting the underlying properties that generate overall dynamics are still limited. In this study, we applied previously unexplored methodologies to analyze time-lapse 3D imaging (4D imaging) data of head neurons of the nematode Caenorhabditis elegans. By combining time-delay embedding with the independent component analysis, we successfully decomposed whole-brain activities into a small number of component dynamics. Through the integration of results from multiple samples, we extracted common dynamics from neuronal activities that exhibit apparent divergence across different animals. Notably, while several components show common cooperativity across samples, some component pairs exhibited distinct relationships between individual samples. We further developed time series prediction models of synaptic communications. By combining dimension reduction using the general framework, gradient kernel dimension reduction, and probabilistic modeling, the overall relationships of neural activities were incorporated. By this approach, the stochastic but coordinated dynamics were reproduced in the simulated whole-brain neural network. We found that noise in the nervous system is crucial for generating realistic whole-brain dynamics. Furthermore, by evaluating synaptic interaction properties in the models, strong interactions within the core neural circuit, variable sensory transmission and importance of gap junctions were inferred. Virtual optogenetics can be also performed using the model. These analyses provide a solid foundation for understanding information flow in real neural networks., Public Library of Science (PLoS)
PLOS Computational Biology, 2024年03月15日, ［査読有り］

Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans
Yu Toyoshima; Stephen Wu; Manami Kanamori; Hirofumi Sato; Moon Sun Jang; Suzu Oe; Yuko Murakami; Takayuki Teramoto; ChanHyun Park; Yuishi Iwasaki; Takeshi Ishihara; Ryo Yoshida; Yuichi Iino, BACKGROUND: Annotation of cell identity is an essential process in neuroscience that allows comparison of cells, including that of neural activities across different animals. In Caenorhabditis elegans, although unique identities have been assigned to all neurons, the number of annotatable neurons in an intact animal has been limited due to the lack of quantitative information on the location and identity of neurons. RESULTS: Here, we present a dataset that facilitates the annotation of neuronal identities, and demonstrate its application in a comprehensive analysis of whole-brain imaging. We systematically identified neurons in the head region of 311 adult worms using 35 cell-specific promoters and created a dataset of the expression patterns and the positions of the neurons. We found large positional variations that illustrated the difficulty of the annotation task. We investigated multiple combinations of cell-specific promoters driving distinct fluorescence and generated optimal strains for the annotation of most head neurons in an animal. We also developed an automatic annotation method with human interaction functionality that facilitates annotations needed for whole-brain imaging. CONCLUSION: Our neuron ID dataset and optimal fluorescent strains enable the annotation of most neurons in the head region of adult C. elegans, both in full-automated fashion and a semi-automated version that includes human interaction functionalities. Our method can potentially be applied to model species used in research other than C. elegans, where the number of available cell-type-specific promoters and their variety will be an important consideration.
BMC Biology, 2020年03月19日, ［査読有り］

An annotation dataset facilitates automatic annotation of whole-brain activity imaging of C. elegans
Yu Toyoshima; Stephen Wu; Manami Kanamori; Hirofumi Sato; Moon Sun Jang; Suzu Oe; Yuko Murakami; Takayuki Teramoto; ChanHyun Park; Yuishi Iwasaki; Takeshi Ishihara; Ryo Yoshida; Yuichi Iino, Annotation of cell identity is an essential process in neuroscience that allows for comparing neural activities across different animals. In C. elegans, although unique identities have been assigned to all neurons, the number of annotatable neurons in an intact animal is limited in practice and comprehensive methods for cell annotation are required. Here we propose an efficient annotation method that can be integrated with the whole-brain imaging technique. We systematically identified neurons in the head region of 311 adult worms using 35 cell-specific promoters and created a dataset of the expression patterns and the positions of the neurons. The large positional variations illustrated the difficulty of the annotation task. We investigated multiple combinations of cell-specific promoters to tackle this problem. We also developed an automatic annotation method with human interaction functionality that facilitates annotation for whole-brain imaging., Cold Spring Harbor Laboratory
2019年07月10日

Measuring Spatiotemporal Dynamics of Odor Gradient for Small Animals by Gas Chromatography
Akiko Yamazoe-Umemoto; Yuishi Iwasaki; Koutarou D. Kimura
Bio-protocol, 2018年04月05日, ［査読有り］

Calcium dynamics regulating the timing of decision-making in C. elegans
Yuki Tanimoto; Akiko Yamazoe-Umemoto; Kosuke Fujita; Yuya Kawazoe; Yosuke Miyanishi; Shuhei J. Yamazaki; Xianfeng Fei; Karl Emanuel Busch; Keiko Gengyo-Ando; Junichi Nakai; Yuichi Lino; Yuishi Iwasaki; Koichi Hashimoto; Koutarou D. Kimura, Brains regulate behavioral responses with distinct timings. Here we investigate the cellular and molecular mechanisms underlying the timing of decision-making during olfactory navigation in Caenorhabditis elegans. We find that, based on subtle changes in odor concentrations, the animals appear to choose the appropriate migratory direction from multiple trials as a form of behavioral decision-making. Through optophysiological, mathematical and genetic analyses of neural activity under virtual odor gradients, we further find that odor concentration information is temporally integrated for a decision by a gradual increase in intracellular calcium concentration ([Ca2+](i)), which occurs via L-type voltage-gated calcium channels in a pair of olfactory neurons. In contrast, for a reflex-like behavioral response, [Ca2+](i) rapidly increases via multiple types of calcium channels in a pair of nociceptive neurons. Thus, the timing of neuronal responses is determined by cell type-dependent involvement of calcium channels, which may serve as a cellular basis for decision-making., ELIFE SCIENCES PUBLICATIONS LTD
ELIFE, 2017年05月, ［査読有り］

Large Graph Laplacian Matrix and Functional Map of Whole Brain of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Hiromu Sakuma; Takayuki Teramoto; Sayuri Kuge; Takeshi Ishihara; Yuishi Iwasaki, 責任著者
Proceedings of 2016 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications, 2016年11月27日, ［査読有り］

Modulation of different behavioral components by neuropeptide and dopamine signalings in non-associative odor learning of Caenorhabditis elegans
Akiko Yamazoe-Umemoto; Kosuke Fujita; Yuichi Lino; Yuishi Iwasaki; Koutarou D. Kimura, An animal's behavior is modulated by learning; however, the behavioral component modulated by learning and the mechanisms of this modulation have not been fully understood. We show here that two types of neural signalings are required for the modulation of different behavioral components in non-associative odor learning in the nematode Caenorhabditis elegans. We have previously found that C. elegans avoid the repulsive odor 2-nonanone, and preexposure to the odor for 1 h enhances the avoidance behavior as a type of non-associative learning. Systematic quantitative analyses of behavioral components revealed that the odor preexposure caused increases in average duration of straight migration ("runs") only when the animals were migrating away from the odor source within a certain range of bearing, which likely corresponds to odor decrement. Further, genetic analyses revealed that the genes for neuropeptide or dopamine signalings are both required for the enhanced odor avoidance. Neuropeptide signaling genes were required for the preexposure-dependent increase in run duration. In contrast, dopamine signaling genes were required not for the increase in run duration but likely for maintenance of run direction. Our results suggests that multiple behavioral components are regulated by different neuromodulators even in non-associative learning in C. elegans. (C) 2015 Elsevier Ireland Ltd and the Japan Neuroscience Society. All rights reserved., ELSEVIER IRELAND LTD
NEUROSCIENCE RESEARCH, 2015年10月, ［査読有り］

Evaluation of head movement periodicity and irregularity during locomotion of Caenorhabditis elegans
Ryuzo Shingai; Morimichi Furudate; Katsunori Hoshi; Yuishi Iwasaki, Caenorhabditis elegans is suitable for studying the nervous system, which controls behavior. C. elegans shows sinusoidal locomotion on an agarplate. The head moves not only sinusoidally but also more complexly, which reflects regulation of the head muscles by the nervous system. The head movement becomes more irregular with senescence. To date, the head movement complexity has not been quantitatively analyzed. We propose two simple methods for evaluation of the head movement regularity on an agar plate using image analysis. The methods calculate metrics that are a measure of how the head end movement is correlated with body movement. In the first method, the length along the trace of the head end on the agar plate between adjacent intersecting points of the head trace and the quasi midline of the head trace, which was made by sliding an averaging window of 1/2 the body wave length, was obtained. Histograms of the lengths showed periodic movement of the head and deviation fromit. In the second method, the intersections between the trace of the head end and the trace of the 5(near the pharynx) or 50% (the mid-body) point from the head end in the center line length of the worm image we remarked. The length of the head trace between adjacent intersections was measured, and a histogram of the lengths was produced. The histogram for the 5% point showed deviation of the head end movement from the movement near the pharynx. The histogram for the 50% point showed deviation of the head movement from the sinusoidal movement of the body center. Application of these methods to wild type and several mutantstrains enabled evaluation of their head movement periodicity and irregularity, and revealed a difference in the age dependence of head movement irregularity between the strains., FRONTIERS RESEARCH FOUNDATION
FRONTIERS IN BEHAVIORAL NEUROSCIENCE, 2013年03月, ［査読有り］

Effective Modeling of a Partial Neural Network of C. elegans: Theory and Application　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki
Abstracts of the 2nd International Conference on Brain-Inspired Information Technology, 2005年10月08日, ［査読有り］

Stochastic Formulation for a Partial Neural Circuit of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki; Sohei Gomi, 筆頭著者
Bulletin of Mathematical Biology, 2004年07月

Time Series Analysis Based on Transition Probability: Prediction from the Viewpoint of Path Integrals
Y. Iwasaki
Proceedings of The 2nd International Symposium on Frontiers of Time Series Modeling, 2000年12月

Numerical Study on Error Catastrophe of Adaptive Mutants and Their Stability
Y Iwasaki; F Yonezawa, 筆頭著者, We study an error catastrophe of a self-replicating system, in which a number of bit strings with variable mutation rate compete to survive in a given rugged fitness landscape. The error catastrophe is known as a phase transition from an ordered state to a disordered state when a mutation rate increases. As a control parameter, we choose a selection pressure rather than a mutation rate. We find that our system shows the error catastrophe when the selection pressure decreases. An order parameter is introduced and the error catastrophe is studied for three types of mutant; (a) each bit has a fixed mutation rate, (b) each bit has a common variable mutation rate, and (c) each bit has a variable mutation rate. We also analyze stability of the system on the basis of the eigenvalue and the eigenvector of the transition matrix., PHYSICAL SOC JAPAN
Journal of Physical Soicety of Japan, 1999年05月

A simple model of asymmetric quasi-species : network sustained by emergent high mutation rates
Y Iwasaki; F Yonezawa, 筆頭著者, A simple model of adaptive mutation rates is studied to understand asymmetric adaptive systems. In the model, two sources of asymmetries are introduced. One is a spin-glass-type energy function and gives an asymmetry of the fitness landscape. The other is the variable mutation rate associated with each gene and gives an asymmetry of the transition probabilities. A control parameter is a selection pressure rather than a mutation rate. We find that the model shows three results: (i) High mutation rates emerge in the iterative Darwinian selection process. (ii) Detailed balance is satisfied in the diverse system sustained by the emergent high mutation rates. (iii) A transition from the positive Darwinian selection (ordered state) to the nearly neutral selection (disordered state) takes place as the selection pressure decreases. Based on these results, we study the asymmetric network sustained by emergent high mutation rates. (C) 1999 Elsevier Science B.V. All rights reserved., ELSEVIER SCIENCE BV
Physica D, 1999年02月

点突然変異で駆動される遺伝的アルゴリズムの自律的適応機構　　　　　　　　　　　　　　　
筆頭著者
日本コンピュータサイエンス学会誌, 1997年12月

Genetic Evolution through Stochastic Mutation
Y Iwasaki; F Yonezawa, 筆頭著者, IEEE
Proceedings of IEEE International Conference on Evolutionary Computation, 1996年05月, ［査読有り］

データ同化によって線虫の神経回路をまるごと読み解く 〜現状と課題
徳永 旭将、吉田 亮、岩崎 唯史
シミュレーション, 2013年12月15日

Prediction of synaptic properties of neural network of Caenorhabditis elegans
Kazumi Sakata; Hiroki Akita; Yuishi Iwasaki; Tokumitsu Wakabayashi and Tarou Ogurusu
Proceedings of SICE 2012, 2012年08月20日, ［査読有り］

C. elegans maintain their response to the repulsive odor 2-nonanone during avoidance behavior
Akiko Yamazoe; Yuishi Iwasaki; Kotaro Kimura
NEUROSCIENCE RESEARCH, 2011年

Database of Synaptic Connectivity of C. elegans for Computation
K. Oshio; Y. Iwasaki; S. Morita; Y. Osana; S. Gomi; E. Akiyama; K. Omata; K. Oka; K. Kawamura
Technical Report of CCeP, Keio Future, Keio University, 2003年12月

経路積分法を用いた時系列解析 -統計的モデルのパラメータ推定-
岩崎 唯史
電子情報通信学会技術研究報告, 2002年07月

メタ調節機能をもつ分子進化のモデル
物性研究, 1996年08月

遷移確率に基づいたカオス軌道の予測
物性研究, 1995年03月
筆頭著者

カオスの緑,窓でのノイズに対する安定性
物性研究, 1995年03月

Effective Modeling of a Partial Neural Network of C.elegans: Theory and Application　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki, 単著
International Congress Series, 2006年06月

線虫における神経筋系の屈曲制御モデル：頭部神経ユニットの影響を考慮した蛇行運動制御　　　　　　　　　　　　　　　
北川颯眞; 岩崎唯史
日本物理学会 第79回年次大会, 2024年09月17日
20240916, 20240919

〔主要な業績〕Estimation of functional neuron ensembles for whole-brain activity data in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
竹下晴山; 木村俊; 竹田晃人; 岩崎唯史
第61回日本生物物理学会年会, 2023年11月16日, 日本生物物理学会
20231114, 20231116

〔主要な業績〕Nonlinear neural circuit model of stochastic behavioral choice in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
福井真; 岩崎唯史
第61回日本生物物理学会年会, 2023年11月15日, 日本生物物理学会
20231114, 20231116

確率的ブロックモデルに基づく時系列信号クラスタ推定　　　　　　　　　　　　　　　
木村俊; 竹下晴山; 岩崎唯史; 竹田晃人
第26回情報論的学習理論ワークショップ, 2023年10月30日, 電子情報通信学会
20231029, 20231101

活動同期性に基づく確率的ブロックモデルによる神経クラスタ推定　　　　　　　　　　　　　　　
木村俊; 竹下晴山; 岩崎唯史; 竹田晃人
日本物理学会 第78回年次大会, 2023年09月17日, 日本物理学会
20230916, 20230919

生物学的知見に基づいた線虫の神経筋系の屈曲制御モデル　　　　　　　　　　　　　　　
東悠太; 小笹祐哉; 岩崎唯史
日本機械学会2023年茨城講演会, 2023年08月18日, 日本機械学会
20230818, 20230818

Eliminating spurious correlation in neural activity analysis of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
竹下晴山; 岩崎唯史
第60回日本生物物理学会年会, 2022年09月30日, 日本生物物理学会
20220928, 20220930

線虫の神経系制御機構の理解に向けた数理モデリングと全脳活動データ解析　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史
第2回分子サイバネティクス研究会, 2021年05月10日, ［招待有り］
20210510, 20210510

線虫の全中枢神経細胞活動データに対する重複クラスタ解析：機能的なHubニューロンの探索　　　　　　　　　　　　　　　
加藤禎規; 佐藤博文; 豊島有; 大江紗; 寺本孝行; Stephen Wu; 徳永旭将; 吉田亮; 石原健; 飯野雄一; 岩崎唯史
日本物理学会 第76回年次大会, 2021年03月13日, 日本物理学会
20210312, 20210315

Whole-brain imaging reveals dynamical structure of neural signaling in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Taichi Isaka; Naoyuki Nemoto; Hirofumi Sato; Yu Toyoshima; Suzu Oe; Yuko Murakami; Takayuki Teramoto; Stephen Wu; Terumasa Tokunaga; Moon-Sun Jang; Manami Kanamori; Ryo Yoshida; Takeshi Ishihara; Yuichi Iino; Yuishi Iwasaki
20th International Conference on Systems Biology, 2019年11月04日
20191101, 20191105

How do graded neurons generate stochastic binary switching dynamics in C. elegans?　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki
第57回日本生物物理学会年会, 2019年09月24日, 日本生物物理学会年
20190924, 20190926

線虫の膜電位における確率的遷移と行動選択　　　　　　　　　　　　　　　
阿部幸太; 岩崎唯史
日本物理学会 2019年秋季大会, 2019年09月13日, 日本物理学会

線虫の全中枢神経細胞活動データの時系列解析：因果ダイアグラムの時間変化　　　　　　　　　　　　　　　
根本尚之; 井坂太一; 佐藤博文; 豊島有; 大江紗; 村上悠子; 寺本孝行; Stephen Wu; 徳永旭将; ジャン ムンソン; 吉田亮; 石原健; 飯野雄一; 岩崎唯史
日本物理学会 2019年秋季大会, 2019年09月11日, 日本物理学会

線虫の全脳活動データ解析： 使っているシナプス結合と使っていないシナプス結合　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史; 佐藤博文; 豊島有; 大江紗; 村上悠子; 寺本孝行; Stephen Wu; 徳永旭将; ジャン ムンソン; 吉田亮; 石原健; 飯野雄一
日本物理学会 第74回年次大会, 2019年03月16日, 日本物理学会

Stochastic binary switching behavior of nonlinear neuron explains different responses to same stimulation in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki; Kota Abe
The 19th International Conference on Systems Biology, 2018年10月28日

Robustness of synaptic pathway and signaling pathway estimated from the whole-brain activity data in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史; 佐藤博文; 大江紗; 久下小百合; 寺本孝行; 徳永旭将; 広瀬修; Stephen Wu; 豊島有; ジャン ムンソン; 吉田亮; 飯野雄一; 石原健
第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月15日, 日本生物物理学

線虫の全中枢神経細胞活動データに対する因果性解析II　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史; 佐藤博文; 大江紗; 久下小百合; 寺本孝行; 徳永旭将; 広瀬修; Stephen Wu; 豊島有; ジャン ムンソン; 吉田亮; 飯野雄一; 石原健
日本物理学会 2018年秋季大会, 2018年09月11日, 日本物理学会

Robustness analysis on synaptic structure and causality analysis on whole-brain imaging data　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki; Hirofumi Sato; Suzu Oe; Sayuri Kuge; Takayuki Teramoto; Terumasa Tokunaga; Osamu Hirose; Stephen Wu; Yu Toyoshima; Moon Sun Jang; Ryo Yoshida; Yuichi Iino; Takeshi Ishihara
CeNeuro 2018 (C.elegans Topic Meeting: Neuronal Development, Synaptic Function and Behavior), 2018年06月27日

Neuronal signaling pathways estimated from whole-brain imaging data of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki; T. Teramoto; S. Oe; T. Tokunaga; O. Hirose; S. Wu; Y. Toyoshima; M.-S. Jang; R. Yoshida; Y. Iino; T. Ishihara
19th IUPAB Congress and 11th EBSA Congress, 2017年07月18日

Mathematical methods to analyze imaging data in the whole central nervous system: From noise reduction to causality detection　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki; T. Teramoto; S. Oe; T. Tokunaga; O. Hirose; S. Wu; Y. Toyoshima; M. S. Jang; R. Yoshida; Y. Iino; T. Ishihara
21th International C. elegans Conference, 2017年06月24日

線虫の全脳活動データに対する位相解析　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史; 寺本孝行; 大江紗; 徳永旭将; 広瀬修; Stephen Wu; 豊島有; ジャン ムンソン; 吉田亮; 飯野雄一; 石原健
日本物理学 第72回年次大会, 2017年03月17日

Large Graph Laplacian Matrix and Functional Map of Whole Brain of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Hiromu Sakuma; Takayuki Teramoto; Sayuri Kuge; Takeshi Ishihara; Yuishi Iwasaki
The 2016 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications, 2016年11月30日

Phase synchronization analysis of whole-brain imaging data of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史; 寺本孝行; 徳永旭将; 広瀬修; 豊島有; 吉田亮; 飯野雄一; 石原健
第54回日本生物物理学会大会, 2016年11月27日

Collective dynamics in whole-brain of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki; Takayuki Teramoto; Ryo Yoshida; Yuichi Iino; Takeshi Ishihara
The 17th International Conference on Systems Biology, 2016年09月17日

Correlation clustering reveals intrinsic graph structure of whole-brain imaging data　　　　　　　　　　　　　　　
Hiromu Sakuma; Takayuki Teramoto; Terumasa Tokunaga; Osamu Hirose; Yu Toyoshima; Yuichi Iino; Ryo Yoshida; Takeshi Ishihara; Yuishi Iwasaki
C. elegans Topic Meeting: Neuronal Development, Synaptic Function and Behavior, 2016年07月29日

Directed graph of whole-brain imaging recordings: neural signaling and phase synchronization　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki; Hiromu Sakuma; Takayuki Teramoto; Sayuri Kuge; Ryo Yoshida; Yuichi Iino; Takeshi Ishihara
The 7th Asia-Pacific C. elegans Meeting, 2016年06月28日

Intrinsic graph structure estimation from whole-brain imaging data of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Hiromu Sakuma; Takayuki Teramoto; Sayuri Kuge; Terumasa Tokunaga; Osamu Hirose; Yu Toyoshima; Yuichi Iino; Ryo Yoshida; Takeshi Ishihara; Yuishi Iwasaki
16th International Conference on Systems Biology, 2015年11月23日

Ca2+ dependent negative feedback loop in AWC olfactory neurons: from mathematical viewpoint　　　　　　　　　　　　　　　
M. Usuyama; S. Kuge; T. Teramoto; T. Ishihara; Y. Iwasaki
20th International C. elegans Conference, 2015年06月26日

線虫の単一神経細胞におけるCa2+時空間ダイナミクス: 数理モデルとその解析　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史; 久下小百合; 寺本孝行; 石原健
第52回日本生物物理学会年会, 2014年09月26日
20140925, 20140927

A computational model of olfactory signaling in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Mamoru Usuyama; Yuishi Iwasaki
C. elegans Development, Cell Biology, and Gene Expression Topic Meeting & 6th Asia-Pacific C. elegans Meeting, 2014年07月17日

Numerical approach towards quantitative understanding of neural network of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Takuya Onuma; Hirofumi Sato; Yuichi Iino; Yuishi Iwasaki
C. elegans Development, Cell Biology, and Gene Expression Topic Meeting & 6th Asia-Pacific C. elegans Meeting, 2014年07月16日

Electrodiffusion model for Ca2+ dynamics of a whole single neuron　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki; S. Kuge; T. Teramoto; T. Ishihara
CeNeuro 2014, 2014年07月08日

A computational model of the intracellular signaling pathway for odor receptor neuron in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
M. Usuyama; Y. Iwasaki; C. Ushida; R. Shingai
19th International C. elegans Conference, 2013年06月28日

A neuronal mechanism for navigation along a repulsive odor gradient　　　　　　　　　　　　　　　
A. Yamazoe; Y. Tanimoto; K. Fujita; Y. Kawazoe; Y. Miyanishi; S. J. Yamazaki; X. Fei; K. E. Busch; K. Gengyo-Ando; J. Nakai; Y. Iino; Y. Iwasaki; K. Hashimoto; K. Kimura
19th International C. elegans Conference, 2013年06月27日

Computational evaluation of odor gradient in chemotaxis assay　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki; H. Ichijo; R. Shingai; A. Yamazoe; K. Kimura
5th East Asia C. elegans Meeting, 2012年06月27日

線虫のニューロンと蛍光Ca2+インジケータに関する動的モデル　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史
新学術領域「システム分子行動学」数理シンポジウム, 2012年05月11日, ［招待有り］

Neural circuit model for head swing and forward/backward movement of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
R. Shingai; H. Takahashi; Y. Iwasaki
Neuroscience 2011, 2011年11月12日

Neuronal modeling toward quantitative understanding of nervous system of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki; M. Kuramochi; K. Sakata; S. Oda; Y. Iino; R. Shingai
18th International C. elegans Conference, 2011年06月22日

Worms maintain their response to a repulsive odor 2-nonanone during avoidance behavior　　　　　　　　　　　　　　　
Akiko Yamazoe; Yuishi Iwasaki; Kotaro Kimura
18th International C. elegans Conference, 2011年06月22日

Dynamical model variables, calcium imaging and design of C. elegans neuron　　　　　　　　　　　　　　　
M. Kuramochi; K. Sakata; R. Shingai; Y. Iwasaki
7th Asian Biophysics Association Symposium, 2011年01月30日

Quantitative Modeling of Neuronal Dynamics in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
M. Kuramochi; Y. Iwasaki
17th International Conference on Neural Information Processing, 2010年11月22日

Neuronal model including Ca²⁺ dynamics in C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
M. Kuramochi; K. Sakata; R. Shingai; Y. Iwasaki
4th East Asia C. elegans Meeting, 2010年07月12日

Analysis of noise robustness in neural circuit of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki
the 17th International C. elegans Conference, 2009年06月27日, The Genetics of America Conferences

Numerical study of habituation to touch stimulation and synaptic plasticity　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki
the 16th International C. elegans Conference, 2007年06月28日, The Genetics Society of America Conferences

線虫の行動学習とシナプス可塑性　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎 唯史
日本物理学会2007年春季大会, 2007年03月21日, 日本物理学会

Neural Circuit and Behavioral Criteria of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki
Fifth East Asian Biophysics Symposium, 2006年11月14日, 日本生物物理学会

部分神経回路に対する動的平均場理論　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎唯史
日本物理学第61回年次大会, 2006年03月29日

How to model and study a partial neural circuit of C. elegans?　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki
Abstract of the 15th International C. elegans Conference, 2005年06月26日

Anatomical Data of Synaptic Connectivity of C. elegans are Almost Perfectly Self-contained　　　　　　　　　　　　　　　
Kiyoshi Kawamura; Ken-ichi Oshio; Yuishi Iwasaki; Satoru Morita; Yuko Osana; Sohei Gomi; Kazumi Omata; Eizo Akiyama
2004 East Asia Worm Meeting, 2004年06月29日

C. elegansの新しい神経回路データベース　　　　　　　　　　　　　　　
生塩 研一; 岩崎 唯史; 守田 智; 長名 優子; 五味 壮平; 秋山 英三; 尾又 一実; 岡 浩太郎; 川村 清
日本物理学会 第59回年次大会, 2004年03月29日

Statistical formulations for a partial neural circuit of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Yuishi Iwasaki; Sohei Gomi
14th International C. elegans Conference, 2003年07月02日

Neuronal Circuit and Native Responses of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
Kiyoshi Kawamura; Yasuhiro Funabashi; Ken-ichi Oshio; Satoru Morita; Yuko Osana; Yuishi Iwasaki; Sohei Gomi; Kazumi Omata; Eizo Akiyama; Kotaro Oka
14th International C. elegans Conference, 2003年07月02日

線虫の部分神経回路網に対する統計的解析手法　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎 唯史; 五味 壮平
日本物理学 第58回年次大会, 2003年03月28日

線虫の部分神経回路網に関する統計的解析手法：シナプス結合の符号予測への応用　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎 唯史; 五味 壮平
日本生物物理学会第39回年会, 2002年10月04日

Revision of synaptic connectivity database　　　　　　　　　　　　　　　
生塩 研一; 守田 智; 長名 優子; 岩崎 唯史; 五味 壮平; 尾又 一実; 秋山 英三; 岡 浩太郎
第3回C.elegans日本集会, 2002年08月06日

Stochastic method to predict synaptic signs in a partial neural network of C. elegans　　　　　　　　　　　　　　　
岩崎 唯史; 五味 壮平
第3回C.elegans日本集会, 2002年08月06日

Numerical Study on Excitatory and Inhibitory Pathways in Neural Network of C. elegans(共著)　　　　　　　　　　　　　　　
Y. Iwasaki; S. Gomi; Y. Osana; K. Oshio; S. Morita; K. Oka
Proceedings of Third East Asian Biophysics Symposium, 2000年05月

シミュレーション工学特論A　　　　　　　　　　　　　　　
2024年04月 - 現在
茨城大学大学院

プログラミング演習II　　　　　　　　　　　　　　　
2022年04月 - 現在
茨城大学

数値計算アルゴリズム　　　　　　　　　　　　　　　
2019年04月 - 現在
茨城大学

技術と社会　　　　　　　　　　　　　　　
2024年09月 - 2024年11月
茨城大学

多変数の微積分学　　　　　　　　　　　　　　　
2017年04月 - 2024年03月
茨城大学

情報システム特論　　　　　　　　　　　　　　　
2014年04月 - 2023年03月
茨城大学大学院

数値シミュレーション　　　　　　　　　　　　　　　
2012年04月 - 2019年08月
茨城大学

プログラミング演習 I　　　　　　　　　　　　　　　
1996年04月 - 2016年03月
茨城大学

主題別ゼミナール　　　　　　　　　　　　　　　
2001年04月 - 2013年03月
茨城大学

工学基礎実験II　　　　　　　　　　　　　　　
1998年04月 - 2007年03月
茨城大学

工学基礎実験I　　　　　　　　　　　　　　　
1998年04月 - 2007年03月
茨城大学

日本物理学会

日本生物物理学会